vaspkit 使用¶
约 424 个字 129 行代码 预计阅读时间 3 分钟
介绍¶
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VASPKIT 官方教程：Tutorials — VASPKIT 1.5 documentation
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VASPKIT Features：Features — VASPKIT 1.5 documentation
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ATOMKIT 介绍：ATOMKIT Code — VASPKIT 1.5 documentation
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vaspkit.1.5.0.Mac.Intel 版本可以在 Mac M1 上运行
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vaspkit pro 有进阶功能（能使用 Structure Utility 中的全部功能）
使用¶
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vaspkit 处理 DOS、能带计算数据演示：13_vasp/V2PC/01_K_Path_Bulk_Structure.md at main · Yiwei666/13_vasp · GitHub
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vaspkit 中的 INCAR 选项
- SR：标准弛豫，只弛豫原子位置，晶胞体积、形状不变，ISIF=2
- LR：点阵弛豫，全弛豫，ISIF=3
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vaspkit 生成的 HCP 结构（及对称性不是很高的结构） KPOINTS 文件中的 K 点生成方式是 Gamma-center（无论选择 G 还是 MP，会自动纠正）
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vaspkit K 点设置：推荐精度：0.03（梅师兄）；trick：每个方向上的 k 点数与其对应的晶格常数的乘积 k*a 值大于 30，为推荐 k 点密度；每个方向上的 ka 尽可能保持相同或接近；0.03 对应的 K 点密度是 1/0.03=33.33
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vaspkit 的能带结构数据获取前提是 K-path 是 Line-Mode 的
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能带绘制相关数据文件：
REFORMATTED_BAND.dat、KLABELS -
态密度绘制相关数据文件：
TDOS.dat、IDOS.dat（积分 DOS） -
没有绘制体系分态密度（总的 s、p、d 轨道）选项
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将自己的脚本作为 vaspkit 的补充功能（整合进 VASP）：拷贝脚本至
vaspkit.X.X.X/utilities目录，在~/.vaspkit中的#USER_DEFINED处按示例格式填写内容（实用性一般）；参考：atom_constrain.py程序: 固定原子层坐标
#USER_DEFINED
# id interpreter script argv description
u3 python layers_count.py .TRUE. count_atomic_layer
#END_USER_DEFINED
- vaspkit 源码中的 utilities 目录结构
utilities
├── INCAR_templates/
├── Makefile
├── POSCARtoolkit/
├── Shermo/
├── am1.5G.dat
├── bader2pqr.py
├── cif2pos.py
├── get_entropy.py
├── get_lattice.exe*
├── get_lattice.f90
├── hello.sh*
├── vbz.py
└── xsd2pos.py
INCAR_templates/ # 不同计算任务的 INCAR 文件模板
Shermo/ # 基于给定的谐振频率、惯性矩、温度、压力、原子质量、转动对称数等信息，Shermo 程序可以输出分子配分函数和理想气体近似下的每 mol 的内能、焓、熵、自由能、热容， 并且平动、转动、振动和电子贡献会独立输出，每种振动模式的贡献也能独立输出。
POSCARtoolkit/ # 分数坐标向笛卡尔坐标的转换；原子层的固定；固定特定原子；可批量进行
get_entropy.py # 计算给定温度下熵和焓的振动贡献；零点能
xsd2pos.py # Material Studio xsd 格式转 VASP POSCAR 格式
cif2pos.py # cif 转 VASP POSCAR 格式
vbz.py # 可视化 Brillouin Zone
get_lattice.f90 #
bader2pqr.py # 将 bader 输出转成 pqr 文件用于 VMD 可视化
vaspkit 功能介绍¶
- vaspkit 的 04 Structure Editor、06 Symmetry Analysis 功能移至 atomkit 中
# Task-ID # 功能
02 # 力学性质
202 # 从弹性张量文件计算弹性性质
203 # 从 OUTCAR 文件提取弹性常数并计算弹性性质
205 # EOS 拟合；可拟合 E-V、P-V、Enthalpy-V；需按照其格式设置选项，不是太方便
03 # 能带结构 K-Path
301 # 一维
302 # 二维
303 # Bulk
305 # Wannier90 代码用 K-Path
305 # Phonopy 代码用 K-Path
306 # CP2K 代码用 K-Path
309 # 可视化第一布里渊区 K-Path
05
505 # 线性插值（NEB Images）
508 # Bader2PQR（将 Bader 电荷数据转换成 bader.pqr 文件，在 VMD 中给原子电荷着色）
08 # Advanced Structure Models
800 # 构建正交超胞
801 # 指定方向添加真空层
802 # 构建随机置换合金
803 # 指定 Miller 指数构建表面
804 # 指定两个表面构建界面/异质结
821 # 在超胞模型中构建非等同的空位缺陷
822 # 在超胞模型中构建非等同的置换缺陷
11 # DOS 态密度
111 # 总 DOS
113 # 每种元素的投影 DOS(PDOS)
114 # 选定原子的 PDOS
115 # 选定原子和轨道的 PDOS
116 # 每种元素的局域 DOS(LDOS)
117 # EIGENVAL 文件的总 DOS
21 # 能带
211 # 能带
212 # 仅选定一个原子的投影能带
213 # 每种元素的投影能带
214 # 选定原子的投影能带
215 # 元素权重的投影能带
216 # 选定原子和轨道的投影能带加和
31 # 电荷密度分析
311 # 电荷密度
314 # 电荷密度差
72 # AIMD Kit
721 # MSD
722 # MSD（使用 FFT，推荐）
723 # 从 MSD.dat 文件中获取扩散系数和离子迁移率
725 # 从 PCDAT 获取对关联函数
726 # 选中元素的径向分布函数
727 # 速度自关联函数
728 # 从速度自关联函数获取振动态密度
730 # 选中元素的键长分布
731 # 选中元素的键角分布
736 # 选中原子的 MD 轨迹（POSCAR 格式）
737 # 选中原子的 MD 轨迹（PDB 格式）
78 # VASP2other 接口
789 # 声子能带结构排序（phononpy）
91 # 半导体 Kit
911 # 带隙
917 # 费米速度
92 # 2D-Material Kit
920 # 将原子层移动到 z 方向底部
921 # 将原子层移动到 z 方向中心
922 # 重新设置真空层厚度
atomkit 功能介绍¶
- 转换成 cif 构型文件格式，对称性只能识别成 P1
# Task-ID # 功能
02 # 对称性分析
201 # 分析晶体结构对称性
202 # 寻找原胞
203 # 寻找单胞
204 # 寻中对称性等同原子
209 # 分析分子或团簇的对称性
4 # 编辑 structure
401 # 构建超胞
402 # 固定选中原子
403 # 移动选中原子
404 # 删除选中原子
405 # 交换点阵矢量的轴
406 # 沿指定方向对原子坐标排序
409 # 在指定位置添加原子
410 # 取代选中原子
412 # 分数坐标，笛卡尔坐标之间转换
413 # 按照指定顺序排布 structure 中的元素
414 # 给选中原子施加随机位移
416 # 给 structure 施加系列应变
6 # 二维材料工具
601 # 将原子层移动到 z 方向底部
602 # 将原子层移动到 z 方向中间
603 # 调整真空层厚度
604 # Standardize 二维晶胞