ASE 使用¶

约 1281 个字 637 行代码 5 张图片预计阅读时间 12 分钟

介绍¶

atomic simulation environment (ASE)：一系列用于设置、操作、运行、可视化及分析原子模拟的工具和 Python 模块
ASE 可支持的构型文件格式：File input and output — ASE documentation
ASE 通过 Calculators 为不同的计算代码（DFT/MD）提供接口，Calculators 与核心 Atoms object 和 ASE 中的许多可用算法一起使用；支持的 Calculators：

ASE 版本 Release notes：查看版本更新细节
注意事项：
- ASE 网站中的源代码参数及注释与安装的 Python package 源码会有不一致的地方，写脚本还是以 pacakge 的源码为准
- 无直接计算弹性常数的模块
- 很多变量的类型是 np.ndarray

参考资料¶

ase 教程（内容较详细）：ASE tutorials；源码：GitHub - ASE-Workshop-2023/tutorial
ase 相关教程：ASE Calculator — Atomistic Simulation Tutorial
Atomic Simulation Environment (ASE) 基础用法
ase tutorial：ASE_tutorial.ipynb
ase md 模拟：GitHub - PythonFZ/ase_md_example
弹性性质计算的 ASE 接口（弹性常数、EOS、声速；感觉一般）：GitHub - jochym/Elastic: A module for ASE for elastic constants calculation.
基于 PAW 和 ASE 的 DFT code：GPAW: DFT and beyond within the projector-augmented wave method — GPAW
GitHub - AlexBoucherr/ASExVASP: A serie of script to perform calculations on VASP using the ASE
GitHub - jkitchin/dft-book: A book on modeling materials using VASP, ase and vasp
ase 结构 2D 和 3D 渲染：GitHub - chrisjsewell/ase-notebook: Highly configurable 2D (SVG) & 3D (threejs) visualisations for ASE/Pymatgen structures, within the Jupyter Notebook.
GitHub - superstar54/x3dase: X3D for Atomic Simulation Environment
ase symmetry 教程（内容一般）：GitHub - ajjackson/ase-tutorial-symmetry: Tutorial notebook for symmetry features in ASE
lab5 有 ase NEB 计算：labutil/samples at master · bkoz37/labutil · GitHub
原子建模之ASE篇_哔哩哔哩_bilibili（主要生成纳米结构）
CompMatBook/Chapter04/4_2_辅助建模软件ASE生成纳米结构.ipynb at main · stanfordbshan/CompMatBook · GitHub
内容一般（能带计算 ASE Python 代码部分可参考）： GitHub - WMD-group/ASE-Tutorials: Examples of using the Atomic Simulation Environment
GitHub - wangchr1617/ASE-Modeling: This repository contains custom functions and scripts for materials modeling, structure manipulation, and simulation using the Atomic Simulation Environment (ASE).

安装¶

pip install ase  # 安装
ase test         # 测试；需安装 pytest

使用¶

CLI¶

CLI：Command line tool — ASE documentation

# 开启 ase 补全（只适用于 bash，zsh 不行）
ase completion >> ~/.bashrc

# 列出 ase 可识别的构型文件格式
ase info --formats

# 列出 ase 的 calculators 以及是否被安装
# 3.22.1 与 3.23.0 版本的输出格式有区别
ase info --calculators

# 构型转换
ase convert -i vasp -o xyz -f -v POSCAR structure.xyz

# 查看 db 文件内容 推荐
ase db test.db

-L N                         # 只显示前 N 行
--offset N                   # 跳过前 N 行
--show-keys                  # 显示所有 keys
--show-values key1,key2,...  # 显示 key 的值；value 为数值时，只显示首尾值，如 energy_pa: [-9.184..-5.855]

其他¶

ase 缺陷计算 - 寻找最优的超胞形状：Tools for defect calculations — ASE documentation
MAC版的ASE如何换轴的颜色 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社
interface 构建（较简单情况）：Interface building - Manipulating atoms — ASE documentation
DOS、能带：Crystals and band structure — ASE documentation

# 振动分析
from ase.vibrations import Vibrations

from ase.md.verlet import VelocityVerlet


# 简易元素周期表绘制
# reference: https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/gallery/gallery.html
from ase.utils.ptable import ptable

atoms = ptable()
atoms.write("ptable.png")

常用模块¶

ase.atoms¶

Atom 和 Atoms 是 ASE 的两个基本 Object， Atoms 由 Atom 构成
Atoms 本质上是 Atom 的 list，可以使用标序的方式来查看 Atom
array methods of Atoms objects
需添加 calculator 才能使用的 methods：Adding a calculator

from ase.atoms import Atoms

# 属性
symbols                    # 化学式；list() 得到原子对应化学符号列表
positions                  # 原子位置；笛卡尔坐标
cell                       # 基矢
cell[:]                    # 基矢；np.ndarray
cell.array                 # 同上
cell.cellpar()             # 晶格参数（常数 + 角度）
cell.lengths()             # 晶格常数
cell.angles()              # 晶格角度
numbers                    # 原子对应原子序数
pbc                        # 周期性边界条件
constraints                # 获取约束信息（原子 x y z 轴固定信息）
info                       # 给 Atoms 设置信息；dict；可用于写入 extxyz 格式文件


# （一般）方法
todict()                   # 将原子信息写入 dict
copy()                     # 拷贝
wrap()                     # 已施加 PBC 时，可将胞外原子移至胞内；下面的 wrap 参数同
rattle()                   # 随机移动原子（位置）
write()                    # 写入构型格式文件
edit()                     # 交互式修改（ASE GUI）
pop()                      # 删除原子
translate()                # 平移原子位置
make_supercell()           # 构建超胞（可通过此将六方转正交胞）
rotate()                   # 旋转（可绕轴旋转）

center()                   # 在指定轴两端各添加真空层并移至该轴中心
# 参数
vacuum                     # 真空层厚度
axis                       # 指定轴


# 方法；主要分为获取和设置；部分获取方法与属性的功能相同
get_xxx()
set_xxx()

# get 方法
get_pbc()                  # 周期性边界条件
get_cell()                 # 基矢
get_volume()               # 体积
get_masses()               # 原子对应原子质量；np.ndarray
get_atomic_numbers()       # 原子对应原子序数；np.ndarray
get_positions()            # 笛卡尔坐标；wrap 参数默认为 False
get_scaled_positions()     # 分数坐标；wrap 参数默认为 True
get_chemical_formula()     # 化学式
get_chemical_symbols()     # 化学符号列表
get_distance()             # 两原子间的距离
get_distances()            # 第 i 个原子与给定原子列表间的距离

# get 方法；需添加 calculator 才能使用的方法
get_potential_energy()     # 总能量
get_potential_energies()   # 每个原子的能量
get_forces()               # 每个原子的受力
get_stress()               # 应力张量
get_stresses()             # 每个原子的应力张量
get_properties()           # 获取性质，如 ["energy", "forces", "stress"]
get_total_energy()         # 总能量
get_magnetic_moment()
get_magnetic_moments()


# set 方法
set_chemical_symbols()     # 设置元素符号；可用于置换元素
set_constraints()          # 施加约束；通常需结合 ase.constraints 的 FixAtoms 函数使用，直接设置 False/True 或 0/1 的列表无效果

晶体结构常用变量获取

from ase.atoms import Atoms
from ase.formula import Formula

atoms: Atoms

# 原子数
natoms = len(atoms)
# 元素种类数
nelements = len(set(atoms.get_chemical_symbols()))
# 化学式
formula = atoms.get_chemical_formula()
# 成分 {'Al': 5, 'Ti': 1}
composition = Formula(formula).count()

# 构型中某一元素的浓度
concentration = atoms.get_chemical_symbols().count("Pd") / natoms


# 原子对之间的最小、最大距离
import numpy as np

# 可考虑最小影像准则
distances = atoms.get_all_distances()

print(np.unique(distances)[1])       # 最小距离 
print(np.unique(distances)[-1])      # 最小距离 


# 判断 cell 是否为正交胞
angles = atoms.cell.angles()
is_orthogonal = all(abs(a - 90) < 1e-5 for a in angles)

其他用法

from ase.atoms import Atom, Atoms

atoms = ...

# 删除某一元素
del atoms[[atom.index for atom in atoms if atom.symbol == "H"]]

# 删除原子（形成空位）
del atoms[0]
# 添加原子（形成间隙缺陷）
atoms.append(Atom("H", position=...))
# 交换原子位置
positions[[0, 1]] = atoms.positions[[1, 0]]


# 生成纳米线
def make_wire(spacing: float = 2.5, box_size: float = 10.0) -> Atoms:
    wire = Atoms(
        "Au",
        positions=[[0.0, box_size / 2, box_size / 2]],
        cell=[spacing, box_size, box_size],
        pbc=[True, False, False],
    )
    return wire


atoms = make_wire()

ase.build¶

结构建模

Bulk 晶体结构¶

参考：Building things — ASE documentation

from ase.build import bulk

# 原胞
atoms = bulk("Al", "fcc", a=4.05)
# 单胞 cubic=True
atoms = bulk("Al", "fcc", a=4.05, cubic=True)


# 支持的 crystalstructure 参数值
sc                       # 简单立方
bcc                      # Nb
fcc                      # Al
hcp                      # Mg
diamond                  # Si
bct                      # Body-Centered Tetragonal
rhombohedral             # 菱形
orthorhombic             # 正交
rocksalt                 # NaCl
cesiumchloride           # CsCl
fluorite, caf2           # CaF2
zincblende               # 闪锌矿 ZnS
wurtzite                 # 纤锌矿 ZnS


# crystal 构建
# 方式 1；简单晶体构建
from ase.build import bulk

# 方式 2；手动构建
from ase.atoms import Atoms

# 方式 3；利用空间群构建
from ase.spacegroup import crystal


# 超胞
# 方式 1
supercell = atoms * 2
# 方式 2
supercell = atoms * (2, 2, 2)

Surface 表面模型¶

官方文档：Surfaces — ASE documentation
无法枚举出具有不同表面终端的所有表面（建议还是通过 Material Studio 或 pymatgen surface 模块或 atomsk 构建含该表面坐标的单胞，进而查看原子层数）
常见晶体结构（BCC、FCC、HCP、Diamond）的常见表面（100、110、111）构建函数，支持吸附位点（'ontop', 'bridge', 'hollow' 等）
指定面指数切表面（比 pymatgen surface 模块好用）
注意事项：
- fcc100、fcc110、bcc100、hcp10m10、diamond100 总是返回正交胞
- fcc111、bcc110、bcc111、hcp0001 可返回非正交胞和正交胞两种
- fcc211 只返回正交胞；diamond111 只返回非正交胞
- root surface 是什么含义？

from ase.build import ...


# 给定构型，沿指定面指数切表面
atoms = ...
s = surface(
    lattice=atoms,
    indices=(0, 0, 1),
    layers=1,
    vacuum=5.0,
)
# 参数
lattice                # Atoms object
indices                # 密勒/面指数
layers                 # 指最小一个完整单元的 slab，而非具体的原子层数
vacuum                 # z 方向两端添加真空层


# FCC 结构常见的 (100)、(110)、(111) 面
fcc100
fcc110
fcc111
fcc211                 # 设置有要求
# BCC 结构常见的 (100)、(110)、(111) 面
bcc100
bcc110
bcc111
# Diamond 结构常见的 (100)、(111) 面
diamond100
diamond111
# HCP 结构常见的 (0001) 面
hcp0001
hcp10m10               # size 设置有要求；m 表示负号

mx2                    # MoS2 二维材料的六方结构
graphene               # 单层石墨烯
# 纳米带结构
graphene_nanoribbon    # 石墨烯纳米带
# tube 结构
nanotube               # 纳米管


# 示例
atoms = fcc100(
    symbol="Cu",
    a=3.615,
    size=(10, 10, 16),
    vacuum=30.0,
    orthogonal=True,
)
# 通用参数
symbol            # 元素符号
a                 # 晶格常数
vacuum            # z 轴两端添加真空层
size              # 指的是层数？
orthogonal        # 是否转换成正交胞

其他

from ase.build import add_vacuum, sort

add_vacuum()       # 添加真空层；单独使用该函数时，返回值为 None，即无效果
sort()             # 按照元素符号排序生成新的 Atoms object


# reference: https://andyhox.github.io/2024/08/07/Learn-VASP-from-pymatgen-13/
# molecule 模块支持通过输入常见的分子化学式构建对应的分子结构
# 查看 ase 支持的分子种类
from ase.build.molecule import extra
from ase.collections import g2

print(g2.names)
print(extra.keys())

ase.visualize¶

构型可视化（建议在 Jupyter Notebook 中使用）

# 方式 1
from ase.visualize.plot import plot_atoms

plot_atoms(atoms)

# 方式 2
from ase.visualize import view

view(atoms, viewer="ngl")

nglview 组件效果图：

ase.cell¶

基矢

from ase.cell import Cell

# 设置基矢
cell = Cell.fromcellpar([3.31, 3.31, 3.31, 90, 90, 90])
cell[:]

cell.get_bravais_lattice()     # 获取布拉维点阵

ase.spacegroup¶

空间群

from ase.spacegroup import Spacegroup, crystal, get_spacegroup

get_spacegroup()          # 获取 Atoms 的空间群信息

crystal()                 # 类；通过空间群构建晶体结构


spg = Spacegroup(152)     # 类；查看给定空间群的对称性信息

# 属性
symbol                    # 空间群符号
no                        # 空间群序号
scaled_primitive_cell     # 基矢

# 方法
equivalent_sites()        # 查看等同原子坐标

ase.lattice¶

点阵

有生成 graphene 和 graphite 模块：ase/lattice/hexagonal.py · master · ase / ase · GitLab

Bravais lattices — ASE documentation

ase.io¶

构型文件读入、写出；可读入压缩格式文件内容；可支持的格式很多；File input and output — ASE documentation
部分构型文件格式只读 (R) 或只写 (W) 或可读入写入多帧构型 (RW+) 数据

# 常用构型文件格式       读写情况
vasp                  # RW
vasp-out              # R+
vasp-xdatcar          # RW+
xyz                   # RW+
extxyz                # RW+
xsd                   # RW
lammps-data           # RW
lammps-dump-text      # R+

模块中的 read() 函数可自动识别文件格式
将 OUTCAR 每个离子步信息转换成 extxyz 格式：Convert VASP OUTCAR to extxyz file for NequIP input · GitHub
写法一：在 read()、write() 函数中指定 format 参数，即具体构型文件格式

from ase.io import read, write
from ase.data import atomic_numbers

# read() 函数
read(
    filename=...,
    index=...,
    format=...,
    **kwargs
)
# 参数
filename                 # 输入文件名
index                    # 读取单帧/多帧数据；int, slice, str 类型
format                   # 指定文件格式
**kwargs                 # 其他参数需参考具体的格式文件函数参数写法

# index 写法
index=0                  # 第一帧构型
index=-2                 # 倒数第二帧
index=':'                # 所有帧
index=slice(None)        # 同上
index='-3:'              # 倒数三帧到最后
index=slice(-3, None)    # 同上
index='1::2'             # 偶数帧数据
index=slice(1, None, 2)  # 同上


# write() 函数
write(
    filename=...,
    images=...,
    format=...,
    append=...,
    **kwargs
)
# 参数
filename=                # 输出文件名；"-" 表示标准输出
images=                  # 单个 Atoms 或 Atoms 列表
format=                  # 指定文件格式
append=                  # 是否写入多帧数据
**kwargs                 # 其他参数需参考具体的格式文件函数参数写法


# 保存为 VASP POSCAR 格式
write(
    output_vasp_fn,
    images=structure,
    format="vasp",
    direct=True,
    sort=True,
    vasp5=True,
    ignore_constraints=Fasle,
)
# 参数
direct                   # 笛卡尔坐标/分数坐标
sort                     # 按照元素的字母顺序对原子进行排序
vasp5                    # 以 VASP5+ 格式写入
ignore_constraints       # 是否忽略约束（固定原子坐标信息）


# 保存为 LAMMPS data 格式
lammps_data_fn = ...
ele_list = ["Si", "Nb"]
write(
    lammps_data_fn,
    images=atoms,
    format="lammps-data",
    specorder=ele_list,
    units="metal",
    atom_style="atomic",
)
# 参数
specorder                # 指定 atom type 顺序；默认按照元素符号字母排序


# 读取 LAMMPS data 格式
atoms = read(
    lammps_data_fn,
    format="lammps-data",
    units="metal",
    style="atomic",
    Z_of_type={
        1: atomic_numbers["Si"],
        2: atomic_numbers["Nb"],
    },

)
# 参数
Z_of_type                # dict，键为 type 编号，值为对应的元素原子序数；若为 None，有 Masses 信息，会根据其猜测原子序号，否则 type 编号对应的元素原子序数默认为 H He ... 等


# 将 OUTCAR 中每个离子步信息写入 extxyz
atoms_list = read("OUTCAR", index=":")

write(
    extxyz_fn,
    atoms_list,
    format="extxyz",
    append=True,
)

写法二：从 ase.io 中导入具体构型文件格式的模块及其函数

# LAMMPS data 格式
from ase.io.lammpsdata import read_lammps_data, write_lammps_data

# LAMMPS dump 格式
from ase.io.lammpsrun import read_lammps_dump_text

# VASP POSCAR 格式
from ase.io.vasp import read_vasp, write_vasp

# VASP 输出文件格式 OUTCAR、XDATCAR、vasprun.xml
from ase.io.vasp import read_vasp_out, read_vasp_xdatcar, write_vasp_xdatcar, read_vasp_xml

# Material Studio xsd 格式
from ase.io.xsd import read_xsd, write_xsd

删除/重置 extxyz 文件中已有的 forces 和 info 信息：Issue with write_xyz (#276) · 议题 · ase / ase · GitLab

atoms = ...

del atoms.arrays["force"]
atoms.info = {}

ase.constraints¶

施加约束

from ase.constraints import FixAtoms

atoms = ...
# 按照 原子类型或坐标 对原子坐标轴进行固定
c = FixAtoms(mask=atoms.symbols == "Cu")
c = FixAtoms(mask=atoms.positions[:, 2] < 1.0)
atoms.set_constraint(c)

ase.eos¶

执行 EOS 计算并拟合，得到体模量

from ase.eos import calculate_eos
from ase.units import kJ
from ase.atoms import Atoms

calc = ...
atoms: Atoms = ...
atoms.calc = calc
eos = calculate_eos(atoms, trajectory="XXX.traj")
v, e, B = eos.fit()
print(B / kJ * 1.0e24, "GPa")

根据 E-V 数据进行 EOS 拟合，获取平衡能量，体积和体模量；并绘制 EOS 拟合曲线

from ase.eos import EquationOfState
from ase.units import kJ

# eos 参数: birchmurnaghan murnaghan birch vinet
eos = EquationOfState(volumes, energies, eos="birchmurnaghan")

v0, e0, B = eos.fit()

print(f"v0 = {v0:.3f}")
print(f"e0 = {e0:.3f}")
print(f"B = {B / kJ * 1.0e24:.1f} GPa")

ax = eos.plot()
ax.set_title(label=None)

ase.db¶

db 文件
db.select(sort) 中的 sort 为含 key 的 str，含 - 时，降序

from ase.db import connect
from ase.db.row import AtomsRow

db_fn = ...
db = connect(db_fn)            # 连接 db 文件

db.metadata = {...}            # 给 db 添加元数据

len(db)                        # 获取 db 文件中存储的结构数目
db.count()                     # 同上
db.count("vasp_calc=Yes")      # 添加 selection 筛选条件

# 若不存在，写入 empty row 并返回整数 id
id = db.reserve(key1=value1, key2=value2, ...)

# 筛选 id<=5 的所有结构
# selection 可以是 id 或其他 AtomsRow 中的 key
# 注：字符与符号之间不能有空格
for row in db.select("id<=5"):
    ...

# 筛选 id>=5, id<=10 的所有结构
for row in db.select("id>=5, id<=10"):
    ...

# 单个 AtomsRow
row = db.get(id=10)            # id 从 1 开始
row._keys                      # 获取 AtomsRow 的 keys
row.key_value_pairs            # 获取 AtomsRow 的 key_value_pairs
row.vasp_calc                  # 根据 key 获取 value

atoms = db.get_atoms(id=10)    # 单个 Atoms

# 将 db 中的 AtomsRow 的结构和数据写入到其他 db 文件
db_output_fn = "..."
db_output = connect(db_output_fn)

for row in db.select("id<=10"):
    key_value_pairs = row.key_value_pairs
    data = row.data
    # 将 AtomsRow 转化成 Atoms
    atoms = row.toatoms()
    db_output.write(
        atoms=atoms,
        key_value_pairs=key_value_pairs,
        data=data,
    )

ase.optimize¶

优化器（优化算法）

# 优化器
from ase.optimize.lbfgs import LBFGS

from ase.optimize import QuasiNewton

ase.data¶

元素周期表中的元素相关数据

from ase.data import ...

# 大多都是 list、dict 或 np.array 的类型
# 第一个元素是 X，空位或让后续元素信息获取从 1 正常开始的含义
chemical_symbols               # 元素符号
atomic_numbers                 # 原子序号
atomic_names                   # 元素英文全称
covalent_radii                 # 共价半径
cohesive_energies              # 内聚能
reference_states               # 基态
atomic_masses                  # 相对原子能量
vdw_radii                      # 范德华半径
ground_state_magnetic_moments  # 基态磁矩

ase.units¶

ASE 中的物理单位，电子伏特 eV、埃 Å，开尔文 K 和原子质量单位定义为 1.0

from ase.units import Bohr, Hartree, eV, kJ, mol

# 能量: 1 eV = ... kJ/mol = ... Hartree = ... Ry
print(1 / (1 * kJ / mol))
print(1 / (1 * Hartree))
print(1 / (1 * Ry))

# 长度单位
print(Bohr)

ase.phasediagram¶

相图绘制（2 维，3 维）：Phase diagrams and Pourbaix diagrams — ASE documentation
没有 pymatgen 对应的模块功能丰富且绘图效果好看

ase.cluster¶

纳米颗粒/团簇

ase.geometry¶

rdf 计算

from ase.geometry import ...

# geometry 模块中的函数
get_duplicate_atoms()       # 获取重复原子；可删除
is_orthorhombic()           # 检查 cell 是否正交
permute_axes()              # 扰动坐标轴
wrap_positions()            # 


# geometry 模块中的 Analysis 类
from ase.geometry.analysis import Analysis

ana = Analysis()

# 属性
images
nImages
nl                            # 近邻列表
all_bonds
all_angles
all_dihedrals
unique_bonds
unique_angles
unique_dihedrals

# 方法
get_bonds()
get_angles()
get_dihedrals()
get_rdf()                    # 计算 RDF（可计算 partial rdf）

ase.neb¶

from ase.neb import NEB
from ase.optimize import BFGS

images = ...

neb = NEB(images, k=0.1)
# IDPP 插值
neb.idpp_interpolate(fmax=0.1, optimizer=BFGS, steps=1000)

ase.calculators¶

ASE 支持的 calculators：Supported Calculators — ASE documentation
ASE 原生 Python 实现的 caculators：EMT (effective medium theory)，EAM，Lennard-Jones，Morse 和 HarmonicCalculator

VASP¶

参考：VASP Calculator — ASE documentation
设置 VASP 执行命令和赝势路径（在 ~/.{bash,zsh}rc 或在 Python 脚本中设置环境变量）

export ASE_VASP_COMMAND="mpirun path/vasp_std"
export VASP_PP_PATH=path/pp_path

import os

os.environ["ASE_VASP_COMMAND"] = ...
os.environ["VASP_PP_PATH"] = ...

ASE VASP Calculator 赝势不同泛涵目录命名

potpaw_PBE           # PBE
potpaw               # LDA
potpaw_GGA           # PW91

# 示例
potpaw_PBE/Nb_pv/POTCAR

示例代码

from ase.calculators.vasp import Vasp

atoms = ...

calc = Vasp(
    istart=0,
    icharg=2,
    encut=400,
    ismear=1,
    sigma=0.2,
    lreal="Auto",
    kpts=[5, 5, 5],
    ivdw=12,
    ediff=1e-05,
    lwave=False,
    lcharg=False,
    net_charge=...,     # 带电体系设置
)

atoms.calc = calc                # 执行 VASP 计算
atoms.set_calculator(calc)       # 同上，但写法过时

atoms.get_potential_energy()     # 获取能量

LAMMPS¶

示例代码

from ase.calculators.lammpsrun import LAMMPS

parameters = {
    "pair_style": "meam/c",
    "pair_coeff": ["* * library.meam Au Au.meam Au"],
}
files = ["library.meam", "Au.meam"]
calc = LAMMPS(parameters=parameters, files=files)

GPAW¶

示例代码

from gpaw import GPAW
from ase.calculators.emt import EMT

atoms = ...
calc = GPAW(mode='lcao', basis='dzp', txt='gpaw.txt')
atoms.calc = calc

opt = BFGS(atoms, trajectory='opt.traj')
opt.run(fmax=0.05)

设置单点能¶

# 设置单点能
from ase.atoms import Atoms
from ase.calculators.singlepoint import SinglePointCalculator

# 还可设置 forces、stress
results={"energy": -7.0}

calc = SinglePointCalculator(atoms, **results)

atoms.calc =  calc

atoms.get_potential_energy()

# 使用多种 calculator
from ase.calculators.mixing import SumCalculator